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硅藻土的物質組分主要為硅藻，是有益組分；其次為粘土礦物，如水云母、高嶺石、蒙脫石等。還有混入的碎屑礦物，例如石英、長石、黑云母等。也常含有有機質以及鹽類。這些物質則是有害組分。據上述組分含量的不同把礦石分為4種類型：
硅藻土：硅藻含量大于90%，粘土礦物含量小于5%，礦物碎屑1%左右，屬于優質礦石。
含粘土硅藻土：硅藻含量75%～90%，粘土礦物5%～25%，礦物碎屑2%左右。這種類型礦石較差。
硅藻粘土：硅藻含量30%～40%，粘土礦物量大于50%，礦物碎屑3%～10%。這種類型為硅藻土與粘土的過渡類型，需經選礦方可為工業利用。
純凈的硅藻土呈白色、土狀,含雜質時則呈灰白、黃、灰、綠以至黑色。硬度1～1.5,但硅藻骨架達4.5～5。一般密度1.9～2.35g/cm3。折射率低，具高的液體吸附能力，大的表面積，適中的摩擦性能,對聲、熱、電低傳導性及不溶于酸(氫氟酸除外)等性能。
吉豐緩釋肥硅藻土的礦物主要是硅藻蛋白石，為一種非晶質含水膠體的礦物。SiO2含量90%左右，含水1%～5%，膠體水失水溫度110～250℃。硅藻蛋白石為生物成因，不是均質礦物，按內部結構不同可分為三個類型：蛋白石A，高度無序，X射線衍射譜具有模糊的α方石英的衍射峰；蛋白石CT，也稱無序方石英，乃由低溫方石英和鱗石英無序混層構成；蛋白石C，為有序的內部結構，具有與α方石英類似的衍射譜。
