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硅藻土的重要用途是做助濾劑，主要應用領域有啤酒業、醫藥行業、凈水過濾、油脂工業、郵寄溶液、涂料和染料、肥料、酸、堿類、調味料、糖類、酒類等過濾。
硅藻土助濾劑按生產工藝分為干燥品、焙燒品和助熔焙燒品。干燥品為硅藻土經選礦，在800攝氏度以下干燥，分級制得，代號為GZ；焙燒品位經選礦，干燥在800-1200攝氏度焙燒，分級制得，代號為PZ；助熔焙燒品是經選礦、干燥，在800-1200焙燒，分級制得，代號為ZZ。由于加工條件不同，三類產品中干燥品粒度相對較細，濾速低，但過濾質量高；焙燒品居中；助熔焙燒品粒度相對較粗，濾速較快，但過濾質量差。目前干燥品用量很少，主要使用焙燒品和助熔焙燒品，通常二者配合使用。
吉豐緩釋肥硅藻土第二大用途是做功能填料，主要應用于涂料、塑料、橡膠、醫藥、造紙、磨料、精密鑄件和微孔陶瓷等。硅藻土做油漆涂料的填料能夠改善產品的穩定性、彈性、分散性等，提高產品的強度、耐磨和耐酸性。硅藻土作為功能性填料，還可以起到消光的作用。如在硅橡膠中加入硅藻土，可使橡膠耐油和耐熱性增強，并改善加工性能。
用硅藻土做填料生產紙板，節省紙漿20%，不僅降低了生產成本，而且紙板的關潔度、強度都得到了提高。
將優質硅藻土填加到汽車制動器襯片和機械工業用石棉摩擦片中，它與樹脂及其它物料極易結合，與橡膠油特殊的結合性，既有填充作用，又有補強作用，并能克服產品熱衰退性能，增強產品的適應性。
硅藻土本身就具有大量微孔，因此制備微孔陶瓷膜管的好填料。有人用優質精選硅藻土做填料，成功地開發出硅藻土微孔陶瓷膜管。
硅藻土的吸附主要是物理吸附，吸附速率較快，吸附能力強，主要用于城市污水、造紙廢水、印染廢水、屠殺廢水、含油廢水和重金屬廢水。硅藻土作為吸附劑的應用與助濾劑有相似之處，在用于食品的吸附精煉時，要求達到衛生標準。
硅藻土具有合適的比表面積、高孔隙率以及耐磨、耐酸、耐熱等特性，成為催化劑的理想載體，用于氧化、氫化、脫氫、水合、還原等反應。
用硅藻土作抗菌劑載體的抗菌劑，由于硅藻土吸附能力很強，抗菌液被吸附到硅藻土的微孔中，緩慢釋放，因此成為長效抗菌劑。用硅藻土做載體的抗菌劑，抑菌環，40d與2d基本一樣，而不用硅藻土作載體的抗菌劑，抑菌環明顯變小。
進入21世紀后，人們越來越重視環保。這種環保意識不僅體現在所處的自然環境方面，對自己生活的居室也是如此。為了適應人們的需求，硅藻泥生態壁材應運而生。硅藻土由于其特殊的構造，使之成為硅藻泥生態壁材的優良選材。用硅藻土生產的壁材具有超纖維、多孔質等特性，其超微細孔比活性炭還要多出5000到6000倍。在室內的濕度上升時，硅藻土壁材上的超微細孔能夠自動吸收空氣中的水分，將其儲存起來。如果室內空氣中的水分減少、濕度下降，硅藻土壁材就能夠將儲存在超微細孔中的水分釋放出來。其次，硅藻泥生態壁材還具有消除異味的功能，保持室內清潔。在家庭和賓館衛生間使用，可去除硫化氫和氨等臭味氣體，殺滅有害細菌，并預防疾病的傳播。在汽車室內使用，可清除汽車內裝飾產品散發的有害氣體，同時清除體味、油類、煙氣或因暈車嘔吐的氣味。
